1991年，在原烟台海带育苗场基础上成立了烟台市水产技术推广中心，主要承担全市水产技术咨询与推广工作。原烟台海带育苗场成立于1956年，是我国最早的海带育苗场之一。

1998年，烟台市水产技术推广中心作为烟台市五十家事改企试点单位之一 按照《公司法》进行了规范化公司改造，建立了烟台东方海洋开发有限公司。

2001年，为实现超常规的资源汇聚、优化资源配置和资本扩张，形成足以与外国大公司同台竞争的实力，烟台东方海洋有限公司（现已更名为“山东东方海洋集团有限公司”）作为主发起人，联合其他法人与自然人，经山东省人民政府批准，发起设立了山东东方海洋科技股份有限公司。

2006年，公司坚持“诚信为本”,树立“质量就是生命”的经营理念，积极推行标准化生产和管理，不断追求卓越绩效，并于2006年11月28日向社会公众发行3450万股人民币普通股股票，在深圳证券交易所中小企业板成功上市，股票简称“东方海洋”，股票代码“002086”。

2008年，公司坚持以市场为导向，以效益为中心，以发展创新为主线，大力推进体制创新、技术创新和管理创新，企业综合实力日益增强，并于3月份完成非公开发行股票，募集资金约 5.7亿元，用于海参增养殖项目及海藻遗传育种中心项目建设。

2010年4月，成立山东东方海洋销售有限公司，是山东东方海洋科技股份有限公司积极响应世界“蓝色经济”发展战略，为开拓国内市场而成立的一个子公司，将深海鳕鱼胶原蛋白系列、原生态野生刺参系列、深海水产精加工系列等全面推向国内市场，为社会各界提供深海绿色食品，开创高纯度海洋生态食品。

国家发展和改革委员会批准海珍品良种选育与生态养殖国家地方联合工程实验室开动建设。

国家海藻工程技术研究中心更名为国家海藻与海参工程技术研究中心